Евгений Семененко начал трудовую деятельность электриком на комбинате бытового обслуживания, работал на обувной фабрике «Чолпон» слесарем. В советское время работал в комсомольских органах республики, в том числе вторым секретарем ЦК ЛКСМ Киргизии. С 1992 года работал в Республиканском совете Добровольного спортивного общества профсоюзов. В 1994 г. назначен начальником Управления дипломатического сервиса МИД Республики, преобразованного в 2000 г. в государственное предприятие дипломатического сервиса. В 2005 году перешел в частную строительную фирму «МБМ – строй».

Евгений Семененко окончил исторический факультет Кыргызского государственного университета, экономический факультет Кыргызского сельскохозяйственного института им. Скрябина и Академию общественных наук. Награжден орденом «Знак почета» и медалью «За трудовую доблесть». Владеет английским языком. Женат, двое детей.

Директор Регионального бюро МОТ для стран Европы и Центральной Азии Фридрих Бутлер поздравил Евгения Семененко с назначением и пожелал успеха на новом посту. Он также сообщил, что в Кыргызстане будет создан офис национального корреспондента МОТ, что «будет способствовать развитию технического сотрудничества и предоставлению политических консультаций со стороны МОТ, а также поможет укрепить прямые контакты между МОТ, министерством труда и социальной защиты и социальными партнерами».