Los sistemas de salario mínimo más complejos establecen varios pisos salariales. Al hacerlo, no sólo determinan un nivel de base absoluto, sino también una estructura salarial relativa entre diferentes tasas. Cuando no existen mecanismos de negociación colectiva, los sistemas complejos pueden ofrecer una oportunidad para fijar niveles salariales de base más altos en sectores o industrias con una mayor capacidad de pago.

Sin embargo, el establecimiento y ajuste de estos niveles de salario mínimo exige que las juntas o consejos salariales dispongan no sólo de información de nivel nacional, sino también de información más específica relativa a los sectores, ocupaciones, regiones u otros subgrupos. La puesta en práctica de sistemas de salarios mínimos complejos plantea un desafío en cuanto a la información y la comunicación. Como resultado, los trabajadores, los empleadores e incluso los inspectores del trabajo quizás desconozcan la tasa apropiada que debería aplicarse, lo que da lugar a la duda y los conflictos.

Los sistemas complejos también interactúan con la negociación colectiva en diferentes maneras. Allí donde los salarios mínimos establecen una red compleja de tasas de salarios para diferentes sectores por medio de la negociación tripartita, tales sistemas pueden representar una especie de híbrido entre los mecanismos tradicionales de fijación de salarios mínimos y la negociación colectiva, y tal vez un paso intermedio hacia la negociación colectiva autónoma entre los interlocutores sociales. En los casos en que la negociación colectiva tiene escasa influencia y/o que los sistemas de salario mínimo son la única vía para la negociación salarial, los salarios mínimos son a veces "sobrecargados" con objetivos más ambiciosos. Llevados al extremo, estos sistemas se convierten en un sustituto de la negociación colectiva, la desplazan y retrasan su desarrollo.

Los sistemas complejos también tienen que ser revisados y modificados de vez en cuando. Por ejemplo, los sistemas que contienen un conjunto pormenorizado de ocupaciones tienen que eliminar aquéllas que quedan obsoletas e incorporar las ocupaciones que van surgiendo. En algunos casos, este proceso de revisión es demasiado lento y los sistemas de salarios mínimos existentes pierden vigencia.